Penubuhan Jabatan Kehakiman Syariah Malaysia (JKSM) pada 1 Mac 1998 berdasarkan keputusan Mesyuarat Jemaah Menteri pada 3 Julai 1996 yang bersetuju dengan cadangan penyusunan semula Mahkamah-Mahkamah Syariah seluruh Malaysia. Maka, status Mahkamah Syariah dari sudut perlembagaan negara dengan penubuhan Jabatan Kehakiman Syariah Malaysia (JKSM) yang ditubuhkan berasaskan kepada Perlembagaan Persekutuan Jadual Kesembilan yang memperuntukkan Senarai 2 kepada bidang kuasa negeri. Jadual Kesembilan tersebut memberikan kuasa perundangan kepada negeri mentadbirkan Undang-Undang Islam dan semua hal ehwal Islam di negeri masing-masing kecuali Wilayah Persekutuan yang diletakkan di bawah kerajaan Persekutuan.
Bidang kuasa Mahkamah Syariah
Terdapat tiga peringkat berdasarkan bidang kuasa iaitu:
- Mahkamah Rendah Syariah yang ada di semua bahagian dan diketuai oleh Hakim Syarie.
Bidang kuasanya terdiri daripada Kes Mal dengan tuntutan tidak melebihi RM300,000.00 dan Kes Jenayah dengan denda tidak melebihi RM3,000.00 atau penjara tidak lebih dua tahun.
- Mahkamah Tinggi Syariah : Diketuai oleh Hakim Mahkamah Tinggi Syariah.
Bidangkuasa : Kes Mal dengan tuntutan RM300,000.00 dan ke atas dan Kes Jenayah dengan denda tidak melebihi RM5,000.00, penjara tidak melebihi 3 tahun dan 6 sebatan. Di Mahkamah Tinggi Syariah juga mendengar rayuan dari Mahkamah Rendah Syariah dan pengawasan serta penyemakan Mahkamah Rendah.
- Mahkamah Rayuan Syariah yang dipengerusikan oleh Ketua Hakim Syarie dan mempunyai panel rayuan.
Bidangkuasa: Rayuan dari Mahkamah Tinggi Syariah, Penyemakan dan Pengawasan
Maka, di bawah kuasa Perlembangaan Persekutuan tersebut, pihak berkuasa negeri mewujudkan Enakmen Pentadbiran Islam Negeri dan di bawah Enakmen itulah Mahkamah Syariah ditubuhkan dan peruntukkan bidang kuasa dan juga pegawai-pegawai mahkamah yang akan mengendalikannya. Pentadbiran mahkamah ini juga telah diasingkan daripada pentadbiran agama Islam negeri.